Anfang der 1970er Jahre ist er über 60 Jahre alt und beginnt, sich gemeinsam mit seiner Frau Elisabeth Gedanken über seinen Nachlass zu machen. Ziel ist der Fortbestand der Unternehmensgruppe WAGNER in ihrer Gesamtheit. Darüber hinaus wollte das kinderlose Ehepaar etwas an die Gesellschaft zurückgeben. Auf der Suche nach einer Nachfolgeregelung, die beide Anliegen berücksichtigt, findet Josef Wagner den Königsweg. Er verfügt in seinem Testament, dass das gesamte Vermögen mit dem Ableben der Eheleute auf zwei gemeinnützige Stiftungen übergeht. Mit eingeschlossen sind die Eigentumsrechte am Unternehmen WAGNER.
Bereits 1972 wird der Grundstein für die beiden Stiftungen in Deutschland und der Schweiz gelegt. Die deutsche Josef-Wagner-Stiftung Friedrichshafen Stiftung wird bereits 1972 rechtwirksam, die schweizerische JOSEF WAGNER-STIFTUNG Altstätten im Jahr 1975. Bereits zu Lebzeiten überträgt Josef Wagner Firmenanteile auf die Stiftungen, um seine Entschlossenheit zu dokumentieren.
Dank Josef Wagners Weitsicht gut ausgestattet, können sich die Stiftungen erfolgreich auf die in den Satzungen aufgeführten, gemeinnützigen Ziele konzentrieren. Anders als die deutsche konzentriert sich die schweizerische Stiftung hauptsächlich auf die „Förderung von Jugendpflege und Jugendfürsorge im weitesten Sinne“. Bald nach der Gründung entsteht in Altstätten eine Kinderbetreuungsstelle, in der Kinder jeder Herkunft tagsüber betreut, verpflegt und bei den Hausaufgaben unterstützt werden. Gemeinsam mit der Logopädischen Vereinigung Oberrheintal betreibt die Stiftung bis zur Übernahme durch die öffentliche Hand ein Sprachheilambulatorium, in dem sich haupt- und nebenamtliche Therapeutinnen jährlich um mehrere Hundert Kinder aus der Region mit Sprachproblemen kümmern. Inzwischen unterstützt die JOSEF WAGNER-STIFTUNG, Altstätten, das Kinder- und Jugenheim Bild, das es sich zur Aufgabe gemacht hat, jungen Menschen mit moderner Pädagogik neue Wege zu erschließen.
